La Sección Oficial de Cortometrajes es, sin duda, la sección estrella del FESCIGU. En ella compiten 21 cortometrajes seleccionados de entre los más de 190 que nos han llegado. Estos cortometrajes acceden al Primer Premio (2.200 euros), el Segundo Premio (1.100 euros) y el Premio del Público (600 euros). La entrega de premios tiene lugar en el acto de clausura del festival el viernes 7 de julio de 2006, a las 23:30 horas.

Además de su horario oficial, cada sesión de estos cortometrajes puede ser vista también al día siguiente en la sección Re-Proyecciones, a las 18:30 horas en el Teatro Moderno.

Los cortometrajes seleccionados son los siguientes: